“Ninja Assassin” dünyanın en ölümcül suikastçilerinden olan Raizo’yu (Rain) konu alıyor. Raizo, çocukken, varlığı bile bir söylence olarak kabul edilen gizli örgüt Ozunu Klanı tarafından sokaklardan alınıp bir ölüm makinesi olmak üzere eğitilmiştir. Arkadaşının klan tarafından acımasızca öldürülmesini bir türlü unutamayan Raizo, örgütten kaçar ve ortadan kaybolur. Şimdi intikamını almak için hazırlık yaparak beklemektedir.